战国时代的女忍者紫雨故事发生在日本战国时期，女忍者紫雨接到了刺杀德川家长壁殿下的任务。然而，她的行动并不顺利，最终刺杀失败，反而被武士红蜥蜴俘获。红蜥蜴对紫雨怀有不轨之心，企图对她施加暴行。就在危急关头，紫雨发现红蜥蜴中了毒，趁机逃脱。然而逃跑过程中，紫雨身受重伤，昏迷在深林之中。避难所的秘密与救赎紫雨被一处避难所的女仆阿佐发现并救助。经过避难所女住持的同意，紫雨得以在此养伤恢复。避难所看…