神秘骨灰引发的背叛故事发生在中国，著名探险家印第安纳·琼斯博士（由哈里森·福特饰演）与上海黑帮老大达成了一笔交易。对方在成功换得努尔哈赤的骨灰后，竟然背信弃义，企图将琼斯博士置于死地。就在关键时刻，聪明机灵的小男孩豆丁（乔纳森·凯·关饰）及时出现，救下了琼斯博士和一位无辜卷入事件的歌女威莉（凯特·卡普肖饰）。这场突如其来的背叛让三人陷入了极度危险之中。意外坠机，漂流异乡三人在逃亡过程中乘坐…